分别介绍使用循环和MultiQC软件两种方式批量进行fastqc

方法一：循环与命令并行

问：

我当前文件夹下面有100个fastq测序文件，我要批量对他们运行fastqc软件（软件安装目录：~/biosoft/fastqc ）来处理，所以写了脚本
ls *fastq | while read id ; do ~/biosoft/fastqc $id;done

但是这样有一个弊端，就是这100个fastq测序文件是一个个被运行，这样耗时太长！
所以我稍作修改：

ls *fastq | while read id ; do nohup ~/biosoft/fastqc $id & ;done

这样又一下子把100个fastqc任务提交了，我的服务器根本受不了。

所以需要修改修改脚本，让它一下子并行提交10个任务，因为我服务器限制。

该如何最简单的完成呢？

答：加个参数-p

ls *fastq | xargs -n 1 -p 10 -i FQ ~/biosoft/fastqc FQ

每次最多提交10个文件，加-p就可以并行计算啦

方法二：MultiQC

功能：把多个测序结果的qc结果整合成一个报告。支持fastqc、trimmomatic、bowtie、STAR等多种软件结果的整合。

conda install -c bioconda multiqc

安装好后，进入你要分析的测序文件所在的文件夹，直接输入multiqc加要扫描的目录即可运行，如果要扫描当前文件夹，直接输入”multiqc .”即可

multiqc .
multiqc /data/mydir/
multiqc /data/*fastqc.zip
multiqc /data/sanple_1*

multiqc . --ingore *_R2*
multiqc . --ignore run_two/
multiqc . --ignore */run_three/*/fastqc/*.zip

multiqc --file-list_my_file_list.txt

分析结果默认命名为“multiqc_report.html”，相关的以tab风格的data file保存在“multiqc_data”文件夹下。可以用“-n”参数改变结果文件的名字，用“-o”改变输出文件的位置。

添加参数“-f”，输出结果时会自动覆盖同名文件。

添加参数“-t”或者“–template”可以选择不同风格的报告模板，具体内容请查看帮助文档“multiqc –help”。同时，MultiQC也支持自行创作结果文件的模板。

除了直接输出html文件外，Multiqc还可以直接保存图片文件。用以下参数进行保存：

multiqc -p/--export

默认设置下，图片会保存在“multiqc_plots”文件夹中，以.png/.svg或者pdf格式保存。

同时，也可以直接在html文件中使用“toolbox”中的Export 保存图片。

报告页面分为三部分，左边是导航页面，中间是报告正文，右边是toolbox

（Configure Conlumns）可选择需要展示的列名

点击列名可进行排序

(plot)可选择任意两列进行plot

Toolbox

工具栏主要有Hightlight Samples、Rename Samples、Show/Hide Samples、Export Plots、Saving Setting以及帮助等功能。